I presunti intrecci con la Banda della Magliana ed il SISMI 

Tra le piste alternative seguite subito dopo l'omicidio vi è anche quella di un omicidio voluto e poi effettuato da parte della Banda della Magliana. Si dice infatti che Simonetta Cesaroni avesse scoperto quasi per caso negli archivi della stessa A.I.A.G. degli importantissimi e segretissimi documenti che testimoniavano dei presunti favori fatti dalla stessa A.I.A.G. ed altri enti edili a favore della Banda della Magliana con il benestare del Vaticano, territorio in cui vi erano alcuni edifici "prestati" alla banda, con la complicità del SISMI. La pista in un primo momento sembrava la più "veritiera" soprattutto quando alcuni testimoni dissero di aver notato poco dopo l'omicidio 3 personaggi (mai identificati) esattamente sotto la palazzina della Cesaroni che per il loro modo di fare e per il loro abbigliamento potevano essere membri del SISMI. Infatti pochissimo tempo prima vennero scoperti i legami tra la Banda della Magliana ed i servizi segreti dove fu rilevato come il SISMI ormai aveva dei forti rapporti con la banda.

Questa pista successivamente venne gradualmente abbandonata in quanto le indagini non portarono a nulla di provato e questi eventuali documenti trovati dalla Cesaroni non sono stati mai trovati. In aggiunta questi eventuali edifici utilizzati dalla Banda della Magliana in territorio Vaticano non sono mai stati rintracciati ed identificati. Altre ipotesi per avvalorare la nullità della pista sono un'incongruenza di date tra il declino definitivo della Banda della Magliana che viene fatto coincidere con l'omicidio di Enrico De Pedis avvenuto il 2 febbraio 1990 e la data dell'omicidio di Simonetta Cesaroni avvenuto il 7 agosto 1990. Più precisamente si crede che ormai la banda non avesse più potere influente sui servizi segreti rendendo impossibile una commissione per un omicidio